郑芝龙原名郑一官，出生在福建南安一个叫石井的小渔村里，他父亲是当地的一个小官吏。明朝官员的俸禄是低的可怜的，一般的小官吏如果不贪腐，家人都养不活，郑一官的父亲比较廉洁，所以当家里的小孩多起来的时候，这个家庭的生计就难以维持了。
郑一官十七岁的时候，由于家里生计艰难不得不带着两个弟弟去澳门投奔从事海外贸易的舅父黄程。他很有经商头脑，外语天赋也不错，跟随黄程干了三年之后，不但帮黄程把生意打点的妥妥当当的，还学会了荷兰语和葡萄牙语。
黄程见他学的差不多了，就把他送到日本平户的华侨李旦门下。这李旦可不简单，他是当时最有势力的海商之一，资本雄厚，而且还有自己的船队。郑一官到了李旦门下之后更加勤勉了，对李旦更是“以父事之”，李旦看他能干又可靠，便将他收为义子，将一部分生意交给他打理。
郑一官自此飞黄腾达，逐渐成为当地华侨的领袖，并且得到了德川幕府的优待，成为当时日本的显赫人物之一。
有一句俗话叫做：机会总是留给有准备的人，由于郑一官会荷兰语和葡萄牙语，李旦干脆将与荷兰人的交易全部交给他打理，郑一官又搭上了荷兰人这条线。
那个时候荷兰人正在和葡萄牙人、西班牙人争夺海上霸权，为了垄断对日贸易，荷兰人竟然培养郑一官去当海盗，专门劫掠葡萄牙人和西班牙人从东南沿海发往日本的货船。
从此郑一官开始了亦商亦盗的生活，在日本人和荷兰人眼里，他是名声显赫的大海商，生意庞大、富甲一方；在葡萄牙人和西班牙人眼里他却是一个臭名昭著的大海盗，烧杀抢掠、无恶不作。
郑一官亦商亦盗的在海上混迹了两年之后逐渐摆脱了荷兰人的控制，开始自立门户，李旦去世之后他又继承了李旦的大部分遗产，逐渐成为东南沿海最大的海商和海盗。
后来他又从内地招来了郑兴、郑明、郑彩、杨耿、陈晖等部将，合称为“十八芝”，他也将名字改为郑芝龙，不再叫郑一官。
天启末年，闽南发生严重旱灾，郑芝龙趁机袭击福建沿海地区，招揽灾民前往台湾开荒种地，沿海饥民和无业游民竞相投靠，动辄数万人，郑芝龙的势力开始急速膨胀，治下民众达到几十万，军队更是发展到了十多万！
那个时候大明可谓内忧外患，西北的农民起义和东北的后金铁骑搅的整个大明风雨飘摇，根本就无力来剿灭海盗，只能招抚。
崇正元年七月，郑芝龙接受福建巡抚熊文灿的招抚，率部降明，任“五虎游击将军”，坐镇闽南，为大明守备沿海，以防海盗、倭寇还有荷兰人的进攻。
到崇正三年二月，郑芝龙基本剿灭了福建沿海的海盗和倭寇，因功升至福建总兵，拥兵十多万，战船上千艘，威震东南！
同年六月，他将爱子郑森从日本平户接回福建老家，为其聘请了科考出身的秀才，进行启蒙教育，然后又把他送到南都金陵增长见识，激发他好学上进。